In het jaar 1417 werd de eerste katholieke kerk op de Kaasmarkt gebouwd. Dit was een twee beukige hallenkerk. De kerk werd gefinancieerd door de eerste heer van de stad, Willem Eggert.

De grote stadsbrand in 1519 verwoeste de kerk voor een groot gedeelte. Daarna werd de kerk weer opgebouwd tot een driebeukige gotische hallen kerk.

In 1572, tijdens de reformatie, werd de kerk een protestantse kerk en kreeg het de naam "de Groote Kerk". In 1850 werd de kerk gesloopt en kwam er ruimte voor een nieuwe kerk op de Kaasmarkt: de huidige H. Nicolaaskerk.

Dit kerkgebouw is door de Rotterdamse stadsarchitect W.A. Scholten ontworpen en werd gebouwd tussen 1851 en 1853 voor de Hervormde Gemeente.

Vanwege het verminderde kerkbezoek sloot de Hervormde Gemeente in 1971 haar deuren. In 1975 werd het gebouw verkocht aan de gemeente Purmerend. Vanaf 1976 staat het gebouw op rijksmonumentenlijst.

In de jaren daarna verbouwde de gemeente Purmerend het kerkgebouw tot cultureel centrum. In 1978 werd het Cultureel Centrum De Koepelkerk officieel geopend.

In de jaren daarna groeide het aantal inwoners van Purmerend snel en daarmee groeide ook de behoefte aan een nieuw en groter theater.

De katholieke parochie was op dat moment gevestigd aan de Kerkstraat en dat gebouw was aan vervanging toe. Daarom ruilde de katholieke parochie in 1989 met de gemeente Purmerend, de eigenaar van het Cultureel Centrum, hun oude kerkgebouw met de Koepelkerk.

De katholieke kerk aan de Kerkstraat werd gesloopt en theater De Purmaryn werd op die plek gebouwd. Een aantal pilaren uit de kerk is blijven staan en deze zijn terug te vinden in het theater. Ook in de straten rondom de Purmaryn, de Kerkstraat en de Sint Nicolaassteeg zijn nog elementen van de vroegere kerk te vinden.

De katholieke parochie nam in 1989 haar intrek in het huidige kerkgebouw en sindsdien is de naam van de kerk: de H. Nicolaaskerk.

Bij de kerkenruil zijn er afspraken met de Gemeente gemaakt over de restauratie van de kerk. In 1999 heeft er een grootscheepse verbouwing plaatsgevonden, waarbij de fundering verstevigd werd en de vloer en het interieur vernieuwd.